A temporada de 2006 da seleção japonesa de futebol foi marcada pela participação na Copa do Mundo da FIFA, na Alemanha. O Japão, comandado pelo técnico Zico, não conseguiu avançar além da fase de grupos, sendo eliminado com uma vitória, um empate e uma derrota.

Durante o ano, a seleção também disputou amistosos preparatórios, mas não conquistou títulos importantes. No elenco, se destacaram jogadores como o goleiro Yoshikatsu Kawaguchi, o defensor Yuji Nakazawa, os meio-campistas Shunsuke Nakamura e Junichi Inamoto, além dos atacantes Naohiro Takahara e Keiji Tamada.